В восемнадцать лет Ференц Ракоци II женился на Шарлотте-Амалии Гессенской (из Рейнфальдской линии). Это произошло в 1694 году. От этого брака было четверо детей: Липот-Дьёрдь (1696–1700), Йожеф (1700–1738), Дьёрдь (1701–1756) и Шарлотта (1706—?).

Некоторые полагают, что именно Липот-Дьёрдь, старший сын Ференца Ракоци II, и стал графом Сен-Жерменом. Однако достоверно известно, что мальчик умер четырех лет от роду. И тут возникает довольно странная версия. Год рождения Ференца совпадает с годом смерти его отца Ференца Ракоци II. Отсюда делают вывод, что смерть эта была инсценирована и что сын и отец — это одна и та же личность. Инсценировать свою смерть ему якобы помог верный его секретарь Келемен Микеш (1690–1761), разделивший со своим господином судьбу изгнанника, а впоследствии ставший крупнейшим венгерским писателем XVIII столетия, автором знаменитого эпистолярного памятника — мемуарной «почтовой прозы» «Письма из Турции», адресованной к несуществующей венгерской графине. Либо малолетнего наследника Ракоци укрыли в надежном месте и отдали под надзор верных людей.

О том, что граф Сен-Жермен был сыном Ференца Ракоци II, писал хорошо знавший графа ландграф Гессен-Кассельский. Есть свидетельства и о том, что сам Сен-Жермен признавался, будто является сыном князя Ракоци. Однако он не говорил, что был сыном именно Ференца Ракоци II, и не упоминал двоих своих братьев. Да и случаи, когда граф Сен-Жермен использовал имя Ракоци, достоверно не установлены. Как писал исследователь биографии графа Сен-Жермена Б. М. Цырков, «какую-либо связь графа Сен-Жермена с домом Ракоци нельзя установить никакими доступными историческими сведениями или же имеющимися документальными свидетельствами, даже если эта идея и кажется привлекательной некоторым исследователям…». Однако он не отрицает возможность подобной связи.

Существует еще одна версия о происхождении если не самого графа Сен-Жермена, то его имени: якобы некто купил имение Сен-Жермен в итальянском Тироле, заплатил папе за титул и стал графом Сен-Жерменом.